Le principal effet secondaire à redouter, c'est de se réveiller groggy parce qu'on a pris une dose trop forte, ou trop tard le soir. Cette sorte d'état second durant la journée n'est par rare.
Or, il est démontré que cette somnolence augmente le risque d'accidents, sur la route ou lors de la conduite de machines. Elle favorise aussi les chutes, notamment chez les personnes âgées. Autre effet avéré : les troubles de la mémoire, quasi systématiques, qu'engendrent ces molécules. Certains comprimés, comme le Stilnox®, augmentent aussi le risque de somnambulisme.
Sans compter des réactions plus rares, tout à fait étonnantes. Début 2015, le site anglais du Dailymail rapportait ainsi la mésaventure d'un ancien militaire australien, victime d'une érection de plusieurs semaines, après avoir pris un antidépresseur utilisé dans le traitement de l'insomnie (de la trazodone).
Ce patient a dû être hospitalisé 10 jours, et une intervention a été nécessaire pour lui éviter de perdre définitivement ses capacités érectiles. Apparemment, ce risque de priapisme est connu et toucherait 1 personne sur 10 000.
Utilisées pour leurs vertus sédatives, les benzodiazépines peuvent aussi exceptionnellement, comme tout médicament, entraîner des réactions paradoxales, c'est-à-dire exactement à l'inverse de l'effet recherché : agitation, agressivité et comportements destructeurs.