Le Pentagone "a terminé sa réévaluation complète des offres pour le contrat JEDI (Joint Enterprise Defense Infrastructure) et a déterminé que celle de Microsoft continue d'être la meilleure option pour le gouvernement", fait savoir un communiqué publié vendredi.
Dès la conclusion de l'appel d'offres cet automne, Amazon, initialement considéré comme favori, avait vivement remis en cause le choix du ministère.
Le géant du commerce en ligne et des technologies accuse notamment Donald Trump d'avoir piloté le choix du Pentagone parce qu'il déteste Jeff Bezos, le fondateur et patron du groupe.
En février, une juge américaine a accepté la requête d'Amazon d'ordonner la suspension du contrat d'une valeur de 10 milliards de dollars.
En mars, le gouvernement a demandé au tribunal de renvoyer le problème au ministère "pour 120 jours afin de r econsidérer certains aspects de la décision contestée".
"La mise en oeuvre du contrat ne va pas commencer immédiatement à cause de l'injonction temporaire de la cour fédérale du 13 février, mais le ministère de la Défense est pressé d'apporter ces capacités technologiques à nos hommes et femmes en uniforme", a ajouté le Pentagone vendredi.
Ce mégacontrat d'une durée de 10 ans vise à moderniser la totalité des systèmes informatiques des forces armées américaines dans un système géré par intelligence artificielle.
"Nous apprécions que le ministère ait confirmé, après une réévaluation minutieuse, que nous proposons la bonne technologie au meilleur prix", a réagi un porte-parole de Microsoft.
"Le président Trump a démontré maintes fois sa volonté d'utiliser sa qualité de chef des Armées pour interférer avec des fonctions gouvernementales, y compris l'attribution de contrats fédéraux, à des fins personnelles", avait déclaré en février un porte-parole de la division Amazon Web Services (AWS). Il faisait notamment référence à des propos rapportés par James Mattis.
L'ancien secrétaire d'Etat américain à la Défense avait indiqué que Donald Trump lui avait dit "d'envoyer paître Amazon" lors d'une discussion sur ce contrat.
Jeff Bezos est la cible fréquente d'attaques virulentes de la part du prés ident républicain, notamment en raison de son investissement dans le Washington Post, un des journaux parmi les plus critiques de M. Trump et de son gouvernement.